Становление в Российской Федерации современной инновационной экономики остается в настоящее время важнейшей задачей, в решении которой  весомый вклад вносят институты развития.

Департамент корпоративного управления осуществляет работу по обеспечению деятельности институтов развития и госкорпораций, в том числе Внешэкономбанка, госкорпорации «Роснанотех», госкорпорации «Фонд содействия реформированию жилищно-коммунального хозяйства», ОАО «Российская венчурная компания», ОАО «Росинфокоминвест», ОАО «Агентство по ипотечному жилищному кредитованию» и других. В частности, Департамент курирует вопросы совершенствования и координации их деятельности, обеспечивает участие руководства Министерства в органах управления институтов развития - наблюдательных советах и советах директоров.

К компетенции Департамента относятся вопросы повышения эффективности деятельности государственных корпораций, включая внедрение современных моделей управления (ключевых показателей эффективности, систем оплаты труда, зависящих от достижения поставленных целей, создания и деятельности различных комитетов и комиссий  при органах управления с привлечением независимых экспертов и т.д.). Департамент также в соответствии с поручениями Президента Российской Федерации и Правительства Российской Федерации занимается вопросами преобразования государственных корпораций.

Одно из приоритетных направлений деятельности Департамента – выработка предложений по развитию венчурного финансирования в Российской Федерации, в рамках которого осуществляется взаимодействие с ОАО «Российская венчурная компания», председателем совета директоров которого является Министр экономического развития Российской Федерации Э.С. Набиуллина.