В целях реализации Концепции реформирования бюджетного процесса в Российской Федерации в 2004-2006 годах Правительством Российской Федерации утверждено Положение о разработке, утверждении и реализации ведомственных целевых программ.

В рамках Положения установлены правовые основания и механизмы применения программно-целевого метода бюджетного планирования в виде ведомственных целевых программ.

Применение механизмов ведомственных целевых программ в планировании деятельности федеральных органов государственной власти ориентировано на внедрение состязательных процедур при распределении части бюджета принимаемых обязательств по результатам оценки целевых программ ведомств. Согласно Концепции реформирования бюджетного процесса в Российской Федерации в 2004-2006 годах именно ведомственные целевые программы рассматриваются в качестве основного механизма применения программно-целевого метода в отношении расходов, планируемых в настоящее время по сметному принципу.