В Минэкономразвития России продолжается работа по созданию автономных учреждений и согласованию с федеральными органами исполнительной власти осуществляющих функции по выработке государственной политики и нормативно-правовому регулированию в соответствующей сфере методических рекомендаций по расчетам нормативных затрат на оказание услуг (выполнение работ) федеральным автономным учреждением. 

В 2009 – 2010 гг. на федеральном уровне распоряжениями Правительства Российской Федерации созданы и функционируют восемь федеральных государственных автономных учреждений. Среди них: «Государственная академия профессиональной переподготовки и повышения квалификации руководящих работников и специалистов инвестиционной сферы», «Всероссийский институт повышения квалификации руководящих работников и специалистов лесного хозяйства», «Институт повышения квалификации руководящих работников и специалистов лесного хозяйства Сибири и Дальнего Востока», «Российский государственный профессионально-педагогичесий университет», автономные образовательные учреждения профессионального образования «Сибирский федеральный университет» и «Южный федеральный университет» и другие.

Согласован доработанный с учетом замечаний проект постановления Правительства Российской Федерации о создании федерального автономного образовательного учреждения «Национальный исследовательский университет «Высшая школа экономики» путем изменения типа существующего государственного образовательного бюджетного учреждения высшего профессионального образования «Государственный университет – Высшая школа экономики».

Во исполнение Указа Президента Российской Федерации от 21.12.2009 г. № 1172 «О создании федеральных университетов в Северо-Западном, Приволжском, Уральском и Дальневосточном федеральных округах согласованы проекты распоряжений Правительства Российской Федерации о создании федеральных университетов в форме федеральных автономных учреждений.

Минрегион России был подготовлен проект распоряжения Правительства Российской Федерации (далее – проект распоряжения) о создании федерального автономного учреждения «Главное управление государственной экспертизы» для согласования. Учитывая, что вышеуказанный проект распоряжения нуждался в существенной доработке, Минэкономразвития России не согласовало проект распоряжения.

Подготовленный Минэнерго России пакет документов о создании федеральных автономных учреждений по обеспечению энергоэффективности и энергосбережения в пяти регионах России также имеет ряд замечаний и нуждается в доработке по перечням объектов недвижимого имущества и особо ценного движимого имущества.

Кроме того, Минэкономразвития России рассмотрело представленные Минсельхозом России проекты распоряжений  по созданию федеральных автономных учреждений «Федеральный центр оценки безопасности и качества зерна и продуктов его переработки» и «Всероссийский центр карантина растений», которые имеют ряд несоответствий требованиям к перечням объектов недвижимого имущества и особо ценного движимого имущества. Материалы возвращены на доработку.

Минэкономразвития России продолжается работа по рассмотрению и согласованию проектов методических рекомендаций по расчету нормативных затрат на оказание услуг физическим и (или) юридическим лицам федеральными автономными учреждениями в соответствующей сфере деятельности (далее – методические рекомендации).

Представленные методические рекомендации, разработанные Минздравсоцразвития России, Минобрнауки России, Минпромторгом России, Минкультуры России, Минтрансом России были направлены на доработку. 

Следует также отметить, что в течение 2009 - 2010 гг. Минэкономразвития России осуществляло и продолжает осуществлять переписку по различным вопросам в части разъяснения перевода тех или иных организаций и учреждений  в автономные учреждения.