По данным субъектов Российской Федерации на 3 квартал 2009 года создано более 1000 автономных учреждений в различных отраслях.

На федеральном уровне создание автономных учреждений осуществляется в соответствии с утвержденными федеральными органами исполнительной власти графиками реализации мероприятий по изменению типа федеральных государственных учреждений на федеральные автономные учреждения.

В целом динамика создания автономных учреждений совпадает с плановыми показателями перевода.

В третьем квартале 2009 г. продолжалась работа федеральных органов исполнительной власти по созданию федеральных автономных учреждений.

Согласно информации, представленной 8 федеральными органами исполнительной власти (Минобрнауки  России, Минкультуры России, Минфин России, Минспорттуризм России, Минкомсвязь России, Минрегион России, Росгидромет, Россельхознадзор), в 2009 году планируется перевести в форму автономных учреждений более 190 федеральных государственных учреждений.

Распоряжением Правительства Российской Федерации от 15 июля 2009 г. № 946-р созданы автономные учреждения: «Всероссийский институт повышения квалификации руководящих работников и специалистов лесного хозяйства» и »Институт повышения квалификации руководящих работников и специалистов лесного хозяйства Сибири и Дальнего Востока».

Минобрнауки России совместно с федеральными службами и федеральными агентствами, находящимися в ведении Министерства, осуществляется планомерная работа по созданию автономных учреждений. Утвержден перечень федеральных образовательных учреждений, выразивших готовность к переходу в федеральные автономные учреждения, в который включены 38 федеральных образовательных учреждений. Подготовлены и направлены методические рекомендации по созданию образовательных учреждений на региональном и муниципальном уровнях.

Принято решение о создании федерального автономного образовательного учреждения дополнительного профессионального образования «Государственная академия профессиональной подготовки и повышения квалификации руководящих работников и специалистов  инвестиционной сферы».

Рособразованием внесены предложения о создании 2-х федеральных автономных образовательных учреждений высшего профессионального образования: «Российский государственный профессионально-педагогический университет» и «Сибирский федеральный университет». 

В настоящее время  Роснаукой  ведется работа по изменению статуса на федеральные автономные учреждения следующих государственных научных бюджетных учреждений: «Центральный научно-исследовательский и опытно-конструкторский институт робототехники и технической кибернетики при Санкт-Петербургском государственном политехническом университете» и «Научно-производственный комплекс  «Технологический центр» Московского государственного института электронной техники (технического университета)». 

Минспорттуризм России (приказ от 24 августа 2009 г. № 684) проводит работу по созданию автономного учреждения  путем изменения типа федерального государственного учреждения «Управление организации и проведение спортивных мероприятий». Минрегион России проводит совместную работу с Росимуществом по уточнению видов деятельности федеральных государственных учреждений в отношении которых предполагается осуществить реорганизацию в федеральные автономные учреждения.

Минкомсвязь России поддерживает предложение Роспечати об изменении типа федерального государственного учреждения РГРК «Голос России» на федеральное автономное учреждение.

Федеральное агентство по техническому регулированию и метрологии планирует до конца 2009 г. провести работу по изменению типа на автономные учреждения 90 подведомственных федеральных государственных учреждений.

Росгидромет продолжает работу по переводу федерального государственного учреждения «Главный авиационный метеорологический центр Федеральной службы по гидрометеорологии и мониторингу окружающей среды» (ФГУ ГАМЦ Росгидромета) в части согласования имущества.

Россельхознадзор предусматривает до конца 2009 года перевести 14 федеральных государственных учреждений в форму федеральных автономных учреждений.

Российским фондом технологического развития ведется доработка пакета документов по изменению типа федерального государственного учреждения на федеральное автономное учреждение.

В Минэкономразвития России проводится интенсивная работа по внесению изменений в законодательство Российской Федерации, регламентирующих вопросы создания и функционирования автономных учреждений.